Kayseri'de yaşayan Mehmet Akif Ceylan isimli vatandaş, 13 Mart 2016 tarihinde BİMER'e yaptığı başvuruda, “Can Dündar denen gazetecinin Twitter hesabından hala ülkeyi uluslararası arenaya şikayet etmesi, dini değerlere, devletin manevi şahsiyetine, askerine, polisine, Ak Parti seçmenlerine ve vatanseverlere hakaret etmesi bir vatandaş olarak beni rahatsız ediyor. Teröristleri övüyor ve gereken neden yapılmıyor. Can Dündar'ın özgürce basın kamuflesi altında vatana ihanet etmesinden şikayetçiyim. Yetkilileri göreve davet ediyorum” diyerek şikayette bulunması üzerine soruşturma başlatıldı. Kayseri İl Emniyet Müdürlüğü Güvenlik Şube Müdürlüğü'nün yaptığı tahkikat sonucu, Üsküdar'da oturduğu tespit edilen Can Dündar'la ilgili soruşturma, Kayseri Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yetkisizlik kararıyla Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderildi.

Soruşturmayı yürüten Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından Can Dündar'ın Twitter hesabında yapılan incelemede, 20 Nisan 2016 tarihinde bir internet sitesinde yayınlanan, ‘polis kurşunuyla öldürülen Dilek Doğan'ın ağabeyi duruş… Duruşma salonunda Doğan'ın öldürüldüğü ana ait görüntüler izlenince salon karıştı” başlıklı habere, ‘bir gün mağdurların değil, gerçek suçluların, hırsızların, katillerin de böyle götürüldüğünü göreceğiz. Yakındır' yorumunu yaparak paylaştığı, 12 Nisan 2016 tarihinde, cumhuriyet.com.tr haber sitesinin, ‘bombayı biliyorlardı!' başlığıyla yayınladığı haberi, ‘normal bir ülkede İçişleri Bakanı'nı götürecek haber: İsmine kadar öğrendikleri bombacıyı engellemediler. Neden?' yorumunu yaparak paylaştığı ve yine 8 Nisan 2016 tarihinde, ‘slogan atan öğrenci terörist diye yargılanıyor. Katliam sanıkları terörist sayılmıyor. Aklınız alıyor mu?' şeklindeki yorumu paylaştığı tespit edildi.

Soruşturmayı tamamlayan Başsavcılık, Can Dündar hakkında, ‘Türkiye Cumhuriyeti devletini, Türkiye Cumhuriyeti hükümetini, devletin emniyet teşkilatını ve yargı organlarını alenen aşağılama' suçundan 6 aydan 3 yıla kadar hapis cezası istemiyle Asliye Ceza Mahkemesi'ne dava açtı.