2014’te yayımladığı doktora tezinde Cumhuriyeti ve ulus devleti hedef alan yeni bakan Nebati’nin, tezdeki Milli Görüş ve AKP’ye yönelik ifadeleri de dikkat çekti. “Milli Görüş, siyasal İslamcı bir harekettir” diyen Nebati, “Nakşibendi tarikatının İslamın ve onun entelektüel boyutunun yeniden üretilmesine büyük bir katkısı olduğunu” savunarak “Nakşibendi tarikatının, Milli Görüş hareketini savunduğunu” kaydetti. 

 Cumhuriyet'ten Sefa Uyar'ın haberine göre, Milli Nizam Partisi’ne de (MNP) işaret eden Nebati, “MNP’nin kurulmasında da Anadolu’nun çeşitli yerlerine dağılmış cemaatlerin ve tarikatların aktif desteğinin olduğu söylenebilir” dedi. Refah Partisi’nin seçmen kitlesini oluşturan üç gruptan ikisinin “tarikat ve cemaat mensupları olduğu” yönündeki tespite de tezinde yer veren Nebati, “Türkiye’deki jakoben laikçi anlayışın ise İslam’ı siyasi bir meseleden ziyade bir çeşit ‘güvenlik meselesi’ olarak algıladığını” iddia etti. 

 'Yenilikçiler ve gelenekçiler paralel bakış açılarına sahip'
Milli Görüş içinde Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan ile eski Cumhurbaşkanı Abdullah Gül’ün başını çektiği yenilikçilere işaret eden Nebati, “Yenilikçiler ve gelenekçiler İslama bakışta ve topluma İslami bileşenleri dahil etmek bağlamında paralel bakış açılarına sahip. Sadece kullanılan yöntem belirli bir değişiklik göstermiştir” dedi. AKP’nin muhafazakâr demokratlık söylemine zorunlu olarak yöneldiğini savunan Nebati, “Muhafazakâr demokrasi, Milli Görüş’ün katı yapısını esneterek İslamcı yerine dindar ama daha demokrat ve uzlaşmacı bir kimlik benimseyecektir” ifadelerini kullandı.

  'Nurculuk, Kemalist devrimlere tepkidir'
AKP ile İslamcı Milli Görüş hareketi arasındaki farkın söylemsel olduğunu, temelde kadroların İslam’a ve İslamcı harekete bakışının aynı olduğunu aktaran Nebati, “AK Parti’nin Sünni gelenekle devleti barıştırdığını söylemek mümkün. Kemalist seçkinlerin temsilciliğini üstlendiği Batılı değerler, bugün çevrenin partisi olan AK Parti tarafından kültüre, öze ve değerlere dayalı unsurlar da dahil edilerek derinleştirilmekte” iddiasında bulundu. Öte yandan Nebati, Nurculuğ’a da değindiği tezinde, “Nurculuk, halkın içselleştiremediği Kemalist devrimlere bir tepkidir, alternatif bir modernlik önermektedir” dedi.