1994 yılında İDO Genel Müdürü olan Binali Yıldırım, 1999 yılında dönemin belediye başkanı Ali Müfit Gürtuna tarafından akrabalarına İDO’nun büfelerini dağıttığı için görevden alınmıştı.
2 Kasım 1999 tarihli Hürriyet gazetesinin haberine göre, İDO Genel Müdürü Binali Yıldırım, deniz otobüslerindeki büfeleri akrabalarının şirketi Çağrı Temizlik ve Gıda Hizmetleri’ne verdi. Bu karlı iş, sözleşme 1999’a kadar devam etti. Yıldırım son sözleşmeyi imzalayacak genel müdür yardımcısı bile bulamadı.
1994’e kadar İDO’ya bağlı gemilerdeki büfeler, işletici firmaya gemilerin temizliği, hizmeti ve iç bakımı karşılığında tahsis ediliyordu.
1994’te İDO Genel Müdürü olan Binali Yıldırım, gemi büfelerinin hem temizlik karşılığı hem de üzerine para isteyerek firmalara kiralanmasını istedi.
Binali Yıldırım’ın İDO’da çalışan tespit edilebilen akrabalarından bazıları şunlar: Eniştesi Belgüzar Aksu (Yakıt ikmal elemanı), yeğeni Bekir Aksu (Teknisyen), baldızı Tülin Yıldırım (Sekreter), eniştesi Eftal Şahin (Şoför).
Eftal Şahin dışında hepsinin İDO’da işe başlama tarihi, Binali Yıldırım’ın genel müdür olduğu tarihten sonrasına rastlıyor.