Kaza saat 06.20 sıralarında, Sapanca Rüstempaşa Mevkii'nde meydana geldi. Adapazarı'ndan Pendik'e giden 68 bin 23 sefer sayılı yolcu treni ile karşı yönden gelen 'DE24298' sefer sayılı yük treni büyük bir gürültü ile çarpıştı.
Kazada, yolcu treninin makinisti ile trende bulunan yolculardan Emine Demir başını kafasını koltuğa çarpması sonucu yaralandı. Sevk edilen 112 Acil ekipleri yaralılara müdahalede bulunarak Sapanca Devlet Hastanesi'ne kaldırdı. Yaralılar buradan Toyotasa Hastanesi'ne sevk edildi.
Seferler iptal edilirken, kaza nedeniyle vagonların raylardan çıkması üzerine Demiryolları ekipleri çalışma başlattı. Kazanın makas hatası nedeniyle meydana geldiği olasılığı üzerinde durulurken, soruşturma başlatıldı.