676 sayılı KHK ile rektör atamalarının direkt Cumhurbaşkanlığı’na bağlanmasının ardından ilk atama gerçekleşti. Cumhurbaşkanlığı’ndan yapılan açıklamada, “Sayın Cumhurbaşkanımız, Boğaziçi Üniversitesi Rektörlüğüne, Türkiye Cumhuriyeti Anayasasının 130 uncu ve 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 13 üncü maddeleri uyarınca, Yükseköğretim Kurulunun önerdiği adaylar arasından Prof. Dr. Mehmed Özkan’ı atamışlardır” denildi.
Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan tarafından yapılan atamada, öğretim üyerinin yüzde 90'ının katıldığı seçimlerde yüzde 86 oy alan ve YÖK tarafından tek isim olarak Cumhurbaşkanlığı'na gönderilen Prof. Gülay Barbarosoğlu yerine Prof. Mehmed Özkan seçildi. Prof. Özkan, 12 Temmuz'da yapılan seçimlerde aday olmamıştı.
Rektör atamalarında yapılan değişiklik 676 sayılı KHK’de, “Devlet üniversitelerinde rektör Yükseköğretim Kurulu tarafından önerilecek, profesör olarak en az üç yıl görev yapmış üç aday arasından Cumhurbaşkanınca atanır. Bir aylık sürede önerilenlerden birisinin atanmaması ve Yükseköğretim Kurulu tarafından, iki hafta içinde yeni adaylar gösterilmemesi halinde Cumhurbaşkanınca doğrudan atama yapılır” şeklinde yer almıştı.