Endüstriyel tarım kavramının yerli yerine oturması çok kolay olmuyor. Önceleri endüstriyel bitkiler terimi ile karıştırılıyordu. Bu bitkiler şeker pancarı, yağlık ayçiçeği gibi gıda sanayii tarafından işlenen bitkilerdir. O ayrı bir terim. Endüstriyel tarım ise tarım kimyasalları (sentetik tarım ilaçları ve kimyasal gübreler), şirket tohumları, yoğun su, yoğun makine ile yapılan tarım olmaktadır. Bu girdileri şirketler üretiyor ve çiftçi giderek bunlara bağımlı oluyor. Su ve makine kullanımındaki “yoğun” sözcüğü önemli. Şüphesiz su ve makine kullanımına kökten karşı değiliz. Ancak endüstriyel tarımda bunlar gereğinden fazla kullanılmaktadır. Bu şirketlerin ürettiği girdilere İngilizcede “external input” yani dış girdi” denmektedir. Kullanılan terimin anlamı tarımın dışında sanayi tarafından üretilmiş girdiler anlamındadır. Dışalım anlamı yoktur. Hatta agroekolojik tarıma bir geçiş olarak tanımlanan “düşük dış girdi ve sürdürülebilir tarım“ (low external input and sustainable agriculture, kısaca LEISA) modeli de vardır. Bunu iyi tarım gibi düşünmek yanlış olur. İyi tarımda dış girdilerin kurallara göre kullanımı söz konusudur. Sentetik tarım ilaçlarının uygun dozda kullanılması ve uygulama-hasat arasında belli bir sürenin geçmesi gibi hususlara dikkat edilir. İyi tarım endüstriyel tarımın bir versiyonudur. LEISA’da ise sonunda dış girdileri sıfırlamak bir amaçtır. Agroekolojik tarımda ise girdiler büyük ölçüde gene tarımdan ve çoğunlukla işletme içinden sağlanmaktadır.

Aile tarımını endüstriyel tarımın karşıtı gibi düşünenler var. Hâlbuki aile tarımını yapanların da en azından ülkemizde büyük bir çoğunluğu endüstriyel tarım yapmaktadır. Yani girdilerinin çoğunluğunu sanayiden sağlamaktadırlar. Şüphesiz büyük tarım işletmelerinde endüstriyel tarım daha yoğun olarak yapılmaktadır. Özellikle büyük hayvancılık işletmelerinde endüstriyel girdi kullanımı çok yüksek düzeydedir. Agroekoloji ilkelerine uygun hayvancılıkta girdiler (örneğin yemler) ya işletmeden ya da meradan sağlanmaktadır. İki üç inek besleyen bir aile eğer bütün yemleri sanayi yemi olarak sağlıyorsa endüstriyel hayvancılık yapıyor demektir. Tam tersini düşünürsek büyük tarım işletmeleri agroekolojiyi uygulayabilirler ancak bu kolay değildir. En azından ücretli tarım işçilerini sömürdükleri için veya daha çok monokültüre kaymak zorunda oldukları için agroekolojiyi uygulamaları zordur.

Organik tarım şu anda ülkemizde ve dünyada uygulandığı şekliyle agroekoloji ilkeleri ile oldukça çatışmaktadır. Organik tarımda daha çok girdi ikamesi uygulanmaktadır. Yani tarım içinden sağlanacak girdiler (gübre, ev yapımı ilaçlar vb.) yerine sanayinin ürettiği girdiler (biyopestisitler, sanayi üretimi kırmızı solucan gübresi vb.) kullanılmaktadır. Bunlar daha da pahalıdır ve organik tarımın agroekolojik ilkeler yönünde dönüşmesi önünde engeller getirmektedir. Organik kanunlarla sertifikasyon sistemi sadece sertifikasyon şirketlerine bırakılmaktadır. Her ne kadar organik tarımda da katılımcı onay sistemleri bazı ülkelerde yasal hale getirilmekte ise de ülkemizde henüz bu yönde bir gelişme yoktur. Sertifikasyon şirketlerine dayalı sistem özellikle küçük çiftçiler için pahalıdır. Güvenirliliğinde de sorunlar bulunmaktadır.

Organik tarım işletmeleri kimi ülkelerde çok büyük işletmelerce gerçekleştirilmektedir. ABD’de organik tarım üretiminin önemli bir kısmı büyük işletmelerce gerçekleştirilmektedir. Bunlar ne ekolojik ne de eşitlik açısından agroekolojik tarıma uygun değildir. Çoğunlukla tek ürün (sadece şeftali ve onun da bir çeşidi gibi) kullanarak biyoçeşitliliğe aykırı bir durum yaratmaktadırlar. Çoğunlukla yabancı ücretli emeği düşük ücretle çalıştırmaktadırlar. Agroekoloji ise aynı zamanda eşitlikçi bir harekettir. Bu tür organik işletmelerin yaptığı tarıma “endüstriyel organik tarım” diyebiliriz.